晚年辞官回乡隐居，著书立说。吴国伦是明朝嘉靖、万历年间著名文学家，与李攀龙、王世贞、谢榛、宗臣、梁有誉、徐中行等七人并称“后七子”。“后七子”是来自全国各地聚集京城的文学精英，“诸人多年少，才高气锐，互相标榜，视当世无人”，“名播天下”（《明史·李攀龙传》)。他们以文会友，结成文学同盟，弘扬明初弘治年间以李梦阳为代表的“前七子”文学复古流派的主张，大力推崇“文必秦汉，诗必盛唐”的文学复古事业，写下了大量的诗文，在全国刮起文学复古旋风。“后七子”前期，以李攀龙、王世贞为代表，王死后，吴国伦成为文坛盟主。

吴国伦为人清廉正直，疾恶如仇，不依附权贵，是一个有傲骨的人。嘉靖三十四年(1555年），当他得知被严嵩排挤出京的“后七子”之一梁有誉病逝的消息后，与王世贞、宗臣等“相与为位，哭泣燕邸中”，因此得罪严嵩，特别是同年10月，兵部员外郎杨继盛奏劾严嵩十大罪五奸状，而偏信严嵩的世宗皇帝被激怒，将杨打入诏狱，结果被处斩。杨被斩次日，吴国伦与王世贞等为杨“酹酒泣奠”，并“倡仪赙送”，积极为杨募捐，办理丧事，安顿家小，因此更加惹怒了权势显赫的严嵩父子。结果他很快被严嵩找借口贬为江西按察司知事，后又调南康推官，再调归德知县，二年后他干脆弃官回乡。1562年，严嵩事败，吴国伦才重新被朝廷起用，历任建宁同知、邵武知府、高州知府、贵州提学佥事、河南左参政。

吴国伦故居一角

吴国伦还是一位著名的抗倭英雄。明朝中期，随着商品经济的发展，东南沿海一带，倭寇（日本海盗）猖獗。隆庆初年（1567）吴国伦就任高州知府。就在上任前一年（1566）这里发生了一个大事件，倭寇五千人攻克电白城（今广东电白县电城镇），残杀平民三千，掳走妇女三千(后为广东佥事李材追歼夺回三千妇女）。吴走马上任后，吸取电白教训，加固高州城墙，训练兵士，作好痛击倭寇来犯之准备。经过几年努力，高州城防严密，军民同仇敌忾，被誉为“小函谷关”。隆庆五年（1571）12月倭寇再次侵犯高州。吴国伦挥兵直捣敌营，倭寇仓皇逃跑。吴国伦率大军追至里麻村，擒获敌首，大获全胜。后来，倭寇围攻化州，吴国伦一面派参将陈豪救援，一面亲提大军绕道敌后，形成夹攻之势，尽擒来犯之敌。为表彰军民抗倭战功，他还建亭立碑，昭示后人，亭名“五里亭”，后成为高州名胜。吴国伦保境安民的政绩军功，被载入高州史册，人民传颂不绝。他在告别高州父老时作诗曰：“欲去仍含丧乱忧，他时父老应相忆”，依依惜别之情溢于言表，忧国忧民之心日月可鉴。

吴国伦清廉轻财，以诚交友。著名医学家、《本草纲目》作者李时珍与吴国伦过从甚密。在李时珍仅存的三首诗中，其中之一《吴明卿自河南大参归里》，就是当吴国伦从河南辞官回乡时题赠给吴的。他在这首诗里，赞美了吴国伦的高风亮节。诗曰：“青锁名藩三十年，虫沙猿鹤总堪怜。久孤兰杜山中待，谁遣文章海内传？白雪诗歌千古调，清溪日醉五湖船。鲈鱼味美秋风起，好约同游访洞天。”诗中李时珍把吴国伦这位正直的好友比做山中高洁的兰杜香草，称赞他不向邪恶势力低头的高风亮节；又以阳春白雪赞誉吴诗的高雅，并且劝他不必为罢官而烦恼，回乡隐居后自有挚朋良友和他同乐，诗末说，趁着鲈鱼味美的绝好秋光，约好友去名胜游玩。